Eroberung mit dem Schwert: Auf der Suche nach dem sagenhaften Goldland El Dorado fuhr Pizarro mit 180 Eroberern auf drei Schiffen von Panama aus nach Süden. Schon bald nach ihrer Ankunft an der Küste des heutigen Ecuador hörten sie vom inkaischen Bürgerkrieg, den sie für sich nutzten. Die Eroberungszüge, an denen sich auch zahlreiche indigene Verbündete beteiligten, begannen mit der Einnahme Cajamarcas im Norden Perus und der Gefangennahme Atahualpas. Auch wenn der Sieg der Spanier häufig mit seiner Hinrichtung im Jahre 1532 gleichgesetzt wird, dauerte der inkaische Widerstand noch Jahrzehnte an. Die militärische Eroberung des Inka-Reiches kann erst mit dem Tod des letzten Sapa Inka, Tupac Amaru I., im Jahre 1572 als abgeschlossen betrachtet werden. Die Bewaffnung, Pferde und Bluthunde sowie vor allem tausende indigene Verbündete ermöglichten den Spaniern ihren Erfolg.
Eroberung mit dem Kreuz: Mit den spanischen Eroberern kamen christliche Missionare in das Andengebiet. Die katholische Religion mit ihren komplexen Glaubensinhalten war jedoch schwer vermittelbar, zumal Sprachbarrieren dies erschwerten. Dies führte einerseits zu religiösen Verschmelzungen, Synkretismen, in denen Maria, die Mutter Gottes, mit Pachamama, der andinen Mutter Erde, gleichgesetzt wurde. Andererseits kam es zu Zwangstaufen, während die Bevölkerung ihrem andinen Glauben weiterhin heimlich anhing. Die Folgen daraus waren radikale Kampagnen zur Auslöschung des indigenen »heidnischen« Glaubens, in denen Götterfiguren und Tempel zerstört und Rituale verboten wurden. Dabei entging den Spaniern, dass auch Berge, Seen und Gestirne als Gottheiten verehrt wurden, so dass eine vollständige Zerstörung der andinen Religion nicht möglich war. Trotz starker Missionierungsbemühungen behielt ein großer Teil der Bevölkerung ihren ursprünglichen Glauben bei.
Kolonialzeit: Im 16. Jahrhundert begann mit dem Aufbau europäisch geprägter Städte im Andengebiet die Kolonialzeit. Diese endete im 19. Jahrhundert mit den Unabhängigkeitskriegen und der Errichtung der südamerikanischen Republiken. Den Eroberern überantwortete die spanische Krone als Lohn für ihre Verdienste Ländereien mitsamt den darauf lebenden Indigenen. Diese waren zu Arbeitsleistungen verpflichtet und erhielten dafür, aus Sicht der Krone, das »Geschenk« der Christianisierung. In der Realität führte dieses encomienda genannte System zur massiven Ausbeutung der indigenen Bevölkerung. Eine allumfassende spanische Dominanz gab es jedoch nicht. Besonders der indigene Adel verstand es, sich in der neuen kolonialen Gesellschaft zu etablieren. Auch nach Ankunft der Spanier blieben lokale Herrscher, curacas, ein Bindeglied zwischen der Oberschicht und der Bevölkerung, indem sie Tribut- und Arbeitsleistungen organisierten. Im Gegenzug erhielten sie, wie zur Zeit der Inka, Privilegien und einen gehobenen Sozialstatus.
Gold und Silber für Europa: Die anfängliche Jagd nach Gold wurde Mitte des 16. Jahrhunderts, ausgelöst durch die Entdeckung der Silberminen im bolivianischen Potosí, durch die Gier nach Silber ersetzt. Die gewonnenen Schätze finanzierten maßgeblich das spanische Weltreich. Darüber hinaus bildeten sie die Basis der industriellen Entwicklung in einigen Ländern Europas. Dafür zahlte die indigene Bevölkerung einen hohen Preis. Das ehemalige inkaische System der temporären Arbeitsleistung wurde in eine dauerhafte Zwangsarbeit umgewandelt. Die erneut dafür notwendigen Umsiedlungen rissen die Gemeinden auseinander und zerstörten das soziale Gefüge. Viele überlebten die harten und gefährlichen Arbeiten nicht.
Nach der spanischen Eroberung des Inka-Reiches entstanden erste Porträtserien früherer inkaischer Herrscher. Die ersten dieser Serien wurden ca. 1571 von dem damaligen Vizekönig Francisco Toledo in Auftrag gegeben.